肿瘤NGS报告系统

面向肿瘤精准检测的审核、解读与报告闭环

肿瘤NGS报告系统面向实体瘤靶向测序 Panel 的生物信息审核与临床报告生产。系统把分析流程输出、患者临床信息、人工变异复核、循证知识库、治疗提示、报告模板和签发记录汇集到同一平台，支持从样本进入待办队列，到审核、独立签发、PDF归档和二维码验真的全过程。

它不是把 VCF 简单转换成 PDF：平台对 SNV/Indel、拷贝数变异、基因融合以及 MSI、TMB、HRD 等指标采用不同的读取、计算和复核逻辑；审核人员可以回看原始证据、调整报告位点、补充解释，并在签发时冻结当次数据、模板和人员信息，使历史报告可追溯、可复现。

端到端业务流程

1. 样本发现与信息匹配：扫描项目结果目录，识别样本及其变异、质控和生物标志物文件，并匹配患者、癌种、送检日期等临床信息。
2. 进入审核队列：样本以 PENDING 状态进入工作台，显示项目、质控状态、临床信息完整度、下机时间和超期提示。
3. 领取与锁定：审核人员领取样本后建立协作锁，减少多人同时修改；稳定的变异 UID 用于跨页面、缓存和数据库准确追踪同一条记录。
4. 多维变异复核：分别审核 SNV/Indel、CNV、Fusion、胚系变异和免疫治疗相关指标，必要时打开 IGV 直接检查测序证据。
5. 临床证据匹配：调用离线 OncoKB 及内部知识库，关联药物敏感或耐药、指南证据、临床试验、遗传风险、标准治疗和药物基因组学提示。
6. 人工定稿：保留、移除或恢复位点，修订分级与解读；指标随选择结果重新计算，未完成的内容保存在审核缓存中。
7. 审核与独立签发：完成一审后状态转为 REVIEWED；签发必须由不同于审核人的授权账号执行，并校验临床信息和报告模板。
8. 报告生成与归档：按项目模板生成模块化 A4 PDF，冻结签发快照及内容哈希，通过报告二维码提供真伪校验和受控下载。

样本工作台与协作状态机

• 统一待办：集中展示待审核、待签发和已签发样本，可按项目、状态、患者或样本号定位。
• 目录与数据库协同：待审核样本读取当前分析文件；已审核和已签发样本读取数据库 JSONB 快照，避免上游文件后续变化改写历史结论。
• 协作锁：标记领取人和锁定状态，降低多位审核员并发编辑同一样本的冲突风险。
• SLA 提醒：依据分析完成和送检时间提示超期样本，帮助实验室安排审核优先级。
• 签发只读：SIGNED_OFF 样本的临床信息、变异选择和报告数据进入只读状态，防止签发后静默覆盖。

覆盖六类核心检测结果

1. SNV / Indel

平台组合读取 GATK 与 VarDict 结果：SNV 优先采用 GATK，Indel 和复杂变异优先采用 VarDict，并按照基因、坐标和等位基因去重。工作台集中呈现基因、核酸与蛋白变化、VAF、测序深度、功能区域、致病性和知识库证据，审核员可逐条决定是否进入报告。

最新版本还将具有潜在临床意义但暂无获批靶向治疗的变异单独归类，使其与已匹配靶向用药的位点分开展示，既不遗漏重要驱动事件，也避免把潜在线索误写成已获批治疗推荐。

2. CNV

对基因覆盖片段按长度加权汇总 log2 信号，再换算估计拷贝数，降低短片段对整基因判断的过度影响。扩增、缺失阈值和最少有效片段数可按项目配置；报告同时保留基因、方向、估计拷贝数和分段证据，便于人工判断边界事件。

3. Fusion

解析 DNA 或 RNA 融合结果的双向断点、伴侣基因和支持 reads，按可配置阈值过滤低支持事件。GeneMapper 根据 RefGene 定位断点所在外显子或内含子，辅助判断融合方向、结构完整性及报告价值。

4. MSI

根据不稳定微卫星位点占比生成 MSS、MSI-L 或 MSI-H 结果。默认区间可由系统设置维护（示例：MSI-H ≥10%，MSI-L 3.5%–10%，MSS <3.5%），实际项目可依据试剂、Panel 和验证结果采用经确认的阈值。

5. TMB

按符合条件的体细胞变异数除以 Panel 有效检测区域（Mb）计算 TMB。既可使用项目固定阈值，也可按内部癌种基线的百分位进行解释；系统保留有效区域、原始计数和分层依据，避免只报告一个脱离 Panel 背景的数值。

6. HRD、MMR 与 POLE

HRD 模块汇总 TAI、LST 和 LOH 得到基因组不稳定性评分（GIS），并支持项目化阳性阈值；同时检查 HRR 通路相关变异。系统还扫描 MMR 基因及 POLE 的致病或热点事件，为免疫治疗相关综合判断提供补充证据。

可回溯的人工审核体验

• 稳定变异标识：由样本、变异类别、染色体、位置和等位基因构成 UID，避免排序或页面刷新后选错记录。
• 保留、移除与恢复：审核员可以排除噪声或低价值位点，也可以恢复误删记录；相关 TMB 等派生指标随最终选择重新计算。
• IGV.js 证据核查：在浏览器中直接查看 BAM/CRAM 与参考序列，复核链偏倚、末端富集、局部比对及低频事件。
• 区间图与结构展示：使用 SVG 呈现变异所在转录本或基因区域，辅助理解多个事件的位置关系。
• 审核缓存：未提交的选择和修改保存为样本级缓存；会话中断或服务重启后可继续工作。
• 指标人工覆盖：对经过人工确认、需按实验室规则呈现的指标，可记录显示值和颜色覆盖，同时保留审核痕迹。

免疫治疗综合评估

系统将 TMB、MSI、POLE/POLD1、DNA 损伤修复、免疫获益、免疫耐药、驱动事件及超进展风险信号组织为六维 IO Radar。该视图用于把分散的分子指标放到同一患者语境中审阅，不能把任一单项或雷达图直接等同于用药结论。

• 肿瘤突变负荷与微卫星状态：展示数值、等级、阈值及癌种基线。
• 潜在敏感线索：POLE/POLD1、DDR/HRR 等相关事件。
• 获益与耐药线索：汇总已配置的正向、负向及驱动基因规则。
• 风险提示：识别如 MDM2 家族扩增等需结合临床谨慎判断的事件。

多层循证知识库

平台优先使用本地可版本化的数据源，适合内网部署，也便于实验室审核证据后再更新。自动匹配结果始终允许具备权限的专业人员复核和补充。

• 离线 OncoKB：中英文结构化维护基因、变异、癌种、药物和证据等级；批量更新时保留人工补充条目。
• 证据分层：结合药物获批范围、癌种匹配和 Level 1–4 / R1–R2 证据，将结果组织为不同报告层级。
• 临床试验：维护 NCT 编号、入组状态、癌种、靶点、药物和地点，通过癌种及变异规则筛选可能相关的在研试验。
• 标准治疗与排除规则：按癌种和治疗线次维护 SOC 信息，并根据排除基因或亚型条件生成警示。
• 药物基因组学：按 rsID 识别纯合、杂合和野生型状态，匹配化疗或支持用药相关提示。
• 遗传性肿瘤：维护胚系基因、综合征和遗传方式映射，为遗传风险章节提供结构化内容。
• 癌种 TMB 基线：维护不同癌种的 P5–P95 分布，帮助解释样本在同癌种群体中的相对位置。
• 共突变规则：识别需要组合解读的变异模式，补充单基因注释无法表达的协同或互斥信息。

按项目配置的检测与报告能力

不同 Panel 不必共享一套固定模块。项目配置以不可变的 Project Code 为身份，记录有效检测区域、报告模板、主题色、癌种范围及各模块基因篮子，可分别启用 SNV/Indel、CNV、Fusion、MSI、TMB、HRR/HRD、胚系遗传风险和化疗药物基因组学章节。

• Somatic、Fusion、CNV、HRR 等基因集合按项目维护；
• Review Type 控制审核台和报告中实际出现的模块；
• Panel 有效 Mb 直接参与 TMB 计算并随项目保存；
• 章节编号根据启用模块动态生成，关闭某模块后目录与正文连续编号；
• 项目模板、页眉页脚和主题色在签发时进入快照，历史报告不随新模板变化。

临床信息录入与批量导入

• 支持单样本新增或更新患者姓名、性别、样本类型、诊断、癌种、送检与收样日期等信息；
• 支持 XLSX、XLS 和 TSV 批量导入，自动规范常见列名并校验癌种；
• 每行使用独立保存点，个别错误不会导致整批数据回滚，导入后返回逐行结果；
• 签发样本自动只读，临床信息不能通过普通编辑或批量导入覆盖。

双人复核、报告引擎与完整性验证

• 职责分离：一审审核人与最终签发人必须是不同账号，并分别保存姓名、账号 ID 和时间。
• 签发前置校验：样本需完成审核，并具备必要临床信息和已配置的项目报告模板。
• 模块化报告：Jinja2 模板按项目组合治疗建议、潜在临床意义变异、免疫治疗、遗传风险、化疗、临床试验、QC 和检测说明等章节。
• A4 PDF：使用 WeasyPrint 生成适合打印与归档的 PDF，目录和章节编号随模块自动调整。
• 签发快照：签发时冻结审核数据、临床信息和项目模板，并计算报告内容哈希。
• 二维码验真：PDF 中嵌入带签名令牌的验证链接；公开验证页只读校验签发状态与内容完整性，可按系统设置提供 PDF 下载。
• 历史数据迁移：遗留签发报告需经人工核对后使用专门命令补齐完整性快照，避免自动给未经确认的数据背书。

质量与运营统计

• QC 趋势：跟踪测序深度、PASS 率和项目质量变化，支持定位异常批次。
• TAT：统计从收样到审核、签发的周转时间，并列出尚未完成的超期样本。
• 噪声分析：根据人工移除记录识别高频假阳性位点及其 VAF 分布，为上游过滤规则优化提供依据。
• 审核绩效：汇总审核量、平均过滤变异数及时间趋势，用于工作量分析而非替代质量评价。
• 月度报告：生成 A4 运营统计，包含样本量、癌种构成、Top 变异基因和 TAT 等指标。

权限、安全与全程审计

• 细粒度 RBAC：分别控制样本查看、变异审核、报告签发、临床信息、知识库、报告管理和系统设置权限。
• 关键身份留痕：数据库保存审核人与签发人的账号 ID，降低仅保存可变显示名造成的身份歧义。
• 操作审计：记录时间、用户、IP、模块、动作和必要参数快照，覆盖知识库、审核、签发和配置变更。
• 登录与错误日志：保留登录事件与系统异常，支持问题定位和安全回顾。
• 路径与访问保护：限制样本文件访问范围，报告下载和签发接口再次检查状态与权限。
• 安全基线：支持强口令、持久化密钥、环境变量初始化管理员，并配套安全回归测试。

可选的 AI 辅助解读

在配置合规的大模型服务后，平台可将结构化指标和已筛选证据组织为摘要草稿，重点提示 Tier I/II 驱动事件、免疫治疗相关指标和分子分型线索。AI 输出仅作为审核人员的写作与信息汇总辅助，必须经过专业人员核对，不能自动完成变异定级、治疗决策或报告签发；未配置模型密钥时不影响核心审核和报告流程。

典型应用场景

• 肿瘤靶向 Panel 的日常样本审核、临床解读和 PDF 报告生产；
• 需要离线知识库、内网部署和本地证据维护的医学检验实验室；
• 多项目、多模板并行，且检测基因、TMB 有效区域和报告章节不同的研发或生产团队；
• 要求一审/签发职责分离、历史报告可验证、关键操作可审计的质量管理场景；
• 希望利用人工审核数据持续优化上游过滤、知识库和实验室 TAT 的团队。

结果使用与验证边界

本系统用于协助有资质的专业人员审核数据和制作报告，不替代病理诊断、临床决策或法规要求的方法学验证。正式部署前，应针对具体 Panel、样本类型、测序平台和生物信息流程验证 SNV/Indel、CNV、Fusion、MSI、TMB、HRD 等模块的性能与阈值，并建立知识库版本控制、证据复核、报告批准和异常处置规程。药物、指南和临床试验证据具有时效性，报告结论应结合患者病史、病理结果和最新临床证据综合判断。