三代测序 HLA 分析系统

面向长读长数据的 HLA 分型与结果签发平台

三代测序 HLA 分析系统面向 Nanopore 长读长扩增子测序场景，将测序公司交付的 BAM 文件转化为可复核、可追溯的 HLA 分型结论。系统以单分子读段为分析基础，重建两条等位单倍型一致序列，并与 IPD-IMGT/HLA 权威参考库进行匹配；同时完整呈现质控、歧义、疑似新等位和版本证据，帮助实验室高效完成从数据接收、分析判读到人工复核与签发的闭环。

核心能力

双单倍型重建与长读长分相。系统从 BAM 中提取读段序列与质量信息，自动完成方向归一化、质量过滤、候选位点识别和读段聚类，重建两条等位的 consensus 序列。对于纯合、杂合、单个位点杂合与等位失衡等情形，均给出明确判定及相应告警。

以共变为核心的稳健判别。系统结合位点次等位频率与位点间连锁 r²，区分真实等位差异和 Nanopore 系统性测序错误；对低频共变、等位丢失、污染或潜在嵌合等风险提供可见提示，减少仅依赖频率阈值带来的误判。

IPD-IMGT/HLA 精准匹配。两条 consensus 序列分别与常驻内存的 IPD-IMGT/HLA 参考库匹配，按实际覆盖区域计算歧义集合。系统保留 4-field 层级证据，并在报告中如实展示可达到的分辨率、未覆盖外显子与候选等位集合，避免将“未评估”误作“已排除”。

疑似新等位与低表达等位提示。当最佳匹配仍保留差异时，系统提示疑似新等位并定位差异所在外显子；对 N、L、S、Q 等 null / 低表达等位单独标记，为后续实验确认提供依据。

可视化工作台与质控

• 判定总览：显示纯合/杂合状态、报告级置信等级、单倍型定义位点及核心告警。
• 读段与位点 QC：呈现有效读段、深度、两等位比例、未归簇读段、质量闸剔除与 BAM 未比对读段等信息。

• 共变证据：以位点间连锁 r² 矩阵直观展示支持分相的证据，辅助快速人工复核。
• 等位序列与差异：展示两条等位 consensus 及差异碱基；次要单倍型明确标注为 provisional，避免过度解读。
• 参数与标定：支持阈值 Profile 版本化管理，并可使用已知基因型样本进行多样本标定、网格扫描和独立验证集评估。

可追溯的复核与签发流程

每次分析都会保存输入 BAM 的 SHA-256、所用 Profile 快照、IPD-IMGT/HLA 版本、软件版本及关键运行依赖。结果以不可覆盖的修订版保存，按照“草稿 → 已复核 → 已签发”的状态流管理；已签发结果可追溯，重新分析将生成新版本而不覆盖历史结论。系统也支持对无效结果进行作废管理，为实验室质量体系和结果审计提供基础。

适用场景

• HLA-A、HLA-B、HLA-C、DRB1 等位基因的长读长扩增子分型
• 移植配型、免疫遗传学研究及 HLA 相关药物基因组学检测的分析支撑
• 需要保留原始输入、分析版本、人工复核与签发证据的实验室工作流
• 基于正交真值样本开展分析阈值标定与方法学验证的研发场景

说明：系统的阈值 Profile 需结合具体 assay、测序化学版本与已知基因型样本完成标定；低覆盖、单个位点杂合或存在明显歧义的结果，应结合实验设计和正交方法进行确认。